Bactéries sporulées en IAA : détection, identification, maïtrise

Objectifs

- Identifier les particularités et méthodes de détection des bactéries sporulées, notamment les souches pathogènes ou impliquées dans l’altération des denrées alimentaires
- Expliquer l’évolution et l’adaptation de ces flores aux process utilisés en IAA
- Proposer des axes d’optimisation des procédés permettant de maîtriser la croissance de ces flores dans l’aliment et découvrir l’apport des outils de microbiologie prévisionnelle

Programme

Flores émergentes ou réémergentes
- Caractéristiques de ces flores / cycle de vie
- Etat des lieux des contaminations et prévalence des bactéries sporulées en IAA
- Flores pathogènes : épidemiologie et modalités liées aux TIAC rapportées pour Bacillus cereus, Clostridium perfringens, Clostridium botulinum
- Flores d'altération : Focus sur la biodiversité de comportement et les types d'altération de denrées alimentaires
- Focus sur le groupe Bacillus cereus : caractéristiques des souches Bacillus cereus sensus stricto, Bacillus (pseudo)mycoides, Bacillus weihenstephanensis,
Bacillus thuringiensis, Bacillus anthracis, Bacillus cytotoxicus
Méthodes pour détecter et identifier ces flores
- Inventaire et principes des méthodes disponibles pour la recherche et le dénombrement de ces flores
- Principe du typage et autre caractérisation moléculaire pour l'identification et la traçabilité de ces flores
Travaux pratiques
- Microbiologie : Dénombrement de Clostridium perfringens et Bacillus cereus selon les méthodes normalisées (méthode de référence ou méthode rapide)
- Biologie moléculaire : Amplification de gène cible par PCR pour l'identification et caractérisation de ces flores
Optimisation des procédés
- Traitement thermique
- Etude de cas : optimisation la formulation (pH, aw, acides organiques), inactivation (pH, acide peracétique, chlore...)
- Focus sur l'utilisation d'outils pour prévoir la croissance et décroissance et optimiser la formulation de produit et les conditions de stockage
Travaux pratiques
- Observation microscopique de cellules végétatives et spores
- Lecture des résultats des manipulations expérimentales
- Démonstration en ligne pour l'identification de ces flores : travail sur les séquences de 16S, panC
Discussion et échanges